《爱丽丝学园》故事发生在国立爱丽丝研究机关学园本部，这是一所与众不同的学校，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。主要角色之一的佐仓蜜柑，为了不与好友今井萤分开，离家出走跟随萤来到了爱丽丝学园。然而，她没有超能力，无法满足学校的入学要求。幸运的是，学院老师鸣海先生帮助了她，并意外地唤醒了蜜柑的超能力。因此，蜜柑成功进入了爱丽丝学园，实现了她和萤在一起的愿望。新学校的生活充满了各种喜悦和挑战。蜜柑所具备的超能力被同学们看作是最无用的，而她的搭档是问题少年日向枣。同时，她还要面对与爷爷分离的困境。然而，尽管遇到各种挫折，蜜柑始终积极乐观地面对，逐渐赢得了同学们的喜爱，同时也发展了一段特殊的感情，与枣相爱了起来。故事将随着蜜柑和她的朋友们在爱丽丝学园的成长经历，展现他们如何应对困难，克服挫折，建立友情和爱情的故事。虽然前路充满挑战，但他们将共同努力，为实现自己的梦想而奋斗。