来自异次元的种族MU突然占领了东京，并将整个城市隐藏在一道巨大的防护壁之后。他们欺骗在东京生活的人们，声称他们已经成为世界上仅存的人类。然而，在防护壁之外，一个名为“TERRA”的反抗组织正在逐渐壮大，为了挣脱MU的控制，他们与MU展开了激烈的斗争。在一次与MU的交火中，一个名叫神名绫人（由下野紘配音）的平凡少年意外来到了位于东京湾地下的神秘神殿。在那里，他遇见了巨型机器人“Rahxephon”，并意外成为了它的驾驶者。在神秘女子紫东遥（由久川绫配音）的引导下，绫人踏上了防护壁之外的未知世界，并加入了TERRA组织。在那里，他遇见了如月久远（由桑岛法子配音）等伙伴。随着与MU组织的冲突不断升级，当TERRA的存亡岌岌可危时，绫人再次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。在他的旅程中，绫人不仅面对着来自MU的强大敌人，还要面对自己内心的挣扎和矛盾。他逐渐发现自己与Rahxephon之间的联系，以及自己在整个战斗中的角色。同时，他也在久远等伙伴的支持下，逐渐成长起来，勇敢地面对种种挑战，为了保卫自己所珍视的人和事物，不断前行。这是一个充满着战斗、友情和成长的壮丽故事，将带领观众穿越到一个充满未知和神秘的世界，探索人类与异次元之间的命运交织。